Công tác nghiên cứu khoa học là một nhiêm vụ quan trọng được nhà trường quan tâm bên cạnh nâng cao chất lượng giáo dục và đào tạo. Ngay từ khi mới thành lập, nhà trường đã áp dụng hàng loạt chế độ chính sách ưu đãi cho cán bộ, giáo viên, công nhân viên và sinh viên như: khen thưởng hàng năm đối với những đề tài có chất lượng, ban hành các quy định nhằm tạo điều kiện tốt cho người tham gia nghiên cứu khoa học.

Tạp chí Khoa học trường Đại học An Giang giới thiệu và công bố kết quả nghiên cứu của trường ở nhiều lĩnh vực thuộc khoa học lý thuyết và ứng dụng, bao gồm: (a) Khoa học Tự nhiên, Công nghệ và Môi trường; b) Nông nghiệp, Thủy sản và Công nghệ Sinh học; (c) Khoa học Xã hội, Nhân văn và Giáo dục và (d) Khoa học Chính trị, Kinh tế và Pháp luật. Nội dung được công bố và giới thiệu của Tạp chí là các kết quả nghiên cứu, công trình tổng quan lý thuyết và thực tiễn chưa được xuất bản trên bất kỳ tạp chí nào khác.[8]

Từ năm 2017, Tạp chí Khoa học trường Đại học An Giang đã được Hội đồng Chức danh Giáo sư Nhà nước chấp nhận đưa vào danh mục tạp chí được tính điểm công trình khoa học ở 6 hội đồng chức danh chức danh Giáo sư ngành và liên ngành.